我東吳大學的校訓是先有英文校訓，後來才又有中文校訓。 英文校訓為Unto a Full-grown Man，出自《新約聖經》〈以 弗所書〉第四章第十三節（Ephesians 4：13），茲節錄原文如下：
till we all attain unto the unity of the faith, and of the knowedge of the Son of God, unto a full-grown man, unto the measure of the stature of the fulness of Christ,
可以譯為「直到我們大家達到信仰上以及對神兒子真正認識 的合一，達到成熟人的地步，達到基督那豐盛完美的身量」。 東吳大學以新約聖經中的內容作為校訓，顯然是與東吳大學 由基督教傳教士創辦有關，而且Unto a Full-grown Man 也一直 是東吳大學校徽的一部分。首任華人校長楊永清就任後，曾將該 句譯為「為社會造就完人」。
至於中文校訓，是在民國十八年三月三十一日，東吳大學校 政部會議通過楊永清校長的提議，以「養天地正氣，法古今完人」 為中文校訓。此一訓句是民國十二年一月，蔣介石先生撰句請 孫 文先生揮毫書寫。自此之後，成為東吳大學的中文校訓，也成為 東吳大學傳統的辦學精神與目標。

我東吳大學校徽的設計，分有內外兩環，在內環裏寫中、英 文校名，內外環之間的上下各寫中、英文校訓。內外兩環的線條 著紅色，校名和校訓的字樣則著黑色。此紅、黑二色原先是法學 院院徽的顏色，反映出當時強調鐵血精神的時代背景。後來紅與 黑也成為本校的校色，例如校旗即是紅、黑二色的組合。劉源俊 校長時期對於校色有新的詮釋，紅色象徵熱誠，黑色象徵堅毅與 包容。校徽中校名、校訓和紅、黑二色的設計組合，不僅顯現出 本校的辦學理念與精神，對於本校優良校風的形成也具有深遠的 意義和影響。

我東吳大學最早的校歌出現於民國九年，樂曲是源自於美國 民謠“Annie Lisle ”，由美國麻薩諸塞州波士頓詩人音樂家H.S. Thompson 於1857 年所作。Annie Lisle 經譜曲後，廣為流傳，例如美國康乃爾大學（Cornell University）也是採用此曲譜 成校歌。
東吳大學校歌歌詞原為英文，至民國二十四年中文歌詞有提 到東吳大學位於「葑溪之西，胥江以東」，並且自信地強調東吳 人是「人中鸞鳳，世界同推重」。而在此年之後，校歌歌詞經修 改，填入東吳校訓「古今完人，天地正氣」，並且指出東吳創校 宗旨是「中西文藝，並蓄兼輸」。至民國五十二年，在臺灣復校 後的東吳大學，又由中文系曹昇教授寫出新的歌詞，其中「雙溪 瀠秀，綠疇平曠」，描述本校位於美麗的外雙溪山光水色中；而 「德智兼修，中西融貫」，則是東吳大學從蘇州到臺北一路走來 的傳統辦學精神，希望學生不僅品德與學識兼備，也能融會貫通 中西文化的素養。

東吳大學創辦之初，校址設於蘇州，因蘇州古屬「東吳」地，「東吳為歷來鍾毓之地，地傑則人靈，可造必多，故以命名」；清末兩江總督劉坤一於1899年致函當時美國駐上海總領事古那（John Goodnow），提及林樂知在蘇垣創辦書院，「東吳士子從此皆是公門桃李矣」。此為東吳大學中文校名的由來。
至於東吳大學的英文校名， 1901年6月向美國田納西州政府申請立案註冊時，定為‘Central University of China’，中文譯為「在華之中央大學堂」或「中華中央大學」，此一英文校名，反映當時美國基督教監理會想在中國建立以蘇州的東吳大學為中心，在中國其他 地區建立各學院的宏觀構想。1908正式立案變更英文校名為‘Soochow University。事實上，此一英文校名之前早已在一些場合使用。

我東吳大學目前的校旗，以其式樣來看，正面左半以黑色為 底色，在左半正中央有一紅色環形，環內為英文校名Soochow University 縮寫的SU 兩字母。右半則以紅色為底色，在右半正 中央有上下中文東吳兩字。
紅、黑二色為本校的校色，因此不僅是校徽，校旗也是以此 二色呈現。